冷凍コンテナ（Reefer Container）とは、冷凍機ユニットを備え、コンテナ内の温度を調節できる特殊なコンテナであり、生鮮食品、冷凍食品、医薬品、生花、化学製品など、腐敗しやすいもの、温度に敏感なもの、または定温管理が必要な貨物の輸送に使用される。その主な使用場面は、海上輸送、複合一貫輸送、およびコールドチェーン物流である。注意事項としては、貨物に必要な温度範囲（例：-18℃～+25℃）、換気設定（換気回数）、湿度要件を事前に確認する必要があること、冷凍コンテナは電源に接続した後、継続的に給電する必要があり、ターミナルや船舶に対応するコンセントがなければならないこと、貨物は積み込み前に予冷し、積み付け時には通風路を確保する必要があること、すべての冷凍コンテナが正確な温度管理を行えるわけではなく、「冷凍コンテナ」と「保温コンテナ」「定温コンテナ」を区別する必要があることが挙げられる。一般のドライコンテナとの違いは、能動的な冷却能力を有する点にあり、「冷凍船」との違いは、冷凍コンテナがコンテナ化輸送であり、より柔軟である点にある。貿易実務では、「reefer plug」「temperature set point」「CA/DA」などの用語がしばしば用いられる。